推進我國森林資源生態補償制度最有利的時實踐就是“退耕還林”工程。它標志著中國政府充分認識到森林植被對于全國的生態功能具有的巨大價值,也標志著中國在跨區域生態補償方面邁出的第一個巨大步伐。我國退耕還林的實踐從20世紀70年代已經開始。第一階段(70年代至80年代)是以建設用商品材林為主的退耕還林時期,從關注生態環境脆弱性角度看,由于沒有選擇水土流失嚴重的中低山區進行退耕,因此生態效益不明顯。第二階段(80年代至90年代)是以營造經濟林為主的退耕還林時期。第三階段,也就是目前正在進行的退耕還林工程,進入以營造生態經濟林為主的新階段。
在1998年實施天然林保護工程后,于2000年在西部13個省、市、區174個縣開始了大規模退耕還林工程,它以生態恢復為主要目標。在我國一些地區,多年來已涌現出一些行政區域內的森林生態補償機制案例,特別是在一些成功的小流域治理或是生態農業縣的實踐中,實現了在一個較小范圍內將生態保護與農業經濟協調起來。例如,黃土高原一些地區為了使山上農民安心保護森林,在山下為他們撥出“基本糧田”,用內部生態補償機制實現了生態保護與經濟發展的雙贏。
在生態補償的具體實踐中,尚存在一些亟待解決的問題。例如,在我國西南的部分貧困山區,“退耕還林”的農民擔心8年補償期滿之后,失去林地生活來源沒有著落,有的農民不愿意變更土地使用權證。在政策執行過程中也存在“生態補償不到位”的問題。浙江省臨安市天目山自然保護區的243名村民,狀告當地政府不作為,要求給予“生態補償”一案,產生很大的社會反響,引起社會各界的廣泛關注,成為我國第一起“生態補償”糾紛案件。1999年財政部和國家林業局向國務院遞交了《關于報請審批〈森林生態效益補償基金籌集和使用管理辦法〉的請示》,該項辦法(送審稿)的說明中指出,應當建立“有償使用、全民受益、政府統籌、社會投入”的生態補償機制,這有利于從根本上改變森林生態效益“多數人受益、少數人負擔”的狀況,逐步確立“誰受益、誰負擔”的生態補償機制。