上世紀80年代,揚州許多河道受到了不同程度的污染。1998年4月,該市投資近6億元對古運河市區段進行綜合整治,拉開了生態修復工程的序幕。2001年實施瘦西湖活水工程,使瘦西湖主要觀光水域“死水變活,湖水變清”。10年間,該市先后對14條城區河道進行了綜合治理。 該市還大力實施湖泊生態修復。在寶應湖推行輪漁輪休、種草、放螺、養蟹等生態養殖模式,保護、增植合理利用水草,對現有的蘆葦、蒲草等沿岸植被加以保護,將寶應湖作為有機食品建設基地,促進了經濟效益和生態效益的雙贏。在江都市淥洋湖規劃建設自然保護區,目前已有林地3500畝,鳥類70多種,已成為鳥類等野生動物棲息的樂園、人們休息觀光的場所和學生環境教育的基地。
該市還開展濕地保護與修復。實施了邵伯湖濕地、南水北調東線水源生態功能保護區沿江濕地、里下河沼澤濕地、揚州城市濕地保護與恢復建設工程,建設鳳凰島濕地公園、潤揚濕地森林公園等主題公園,改善了城市空氣質量和水環境。
近年來揚州市大規模開展了荒山改造和礦山生態修復。儀征市投入巨資,改造荒山和丘陵地帶,建設了面積達68平方公里的棗林灣生態園。儀征、高郵、邗江等地通過收取礦山環境恢復治理保證金、實行專項獎勵等措施,整治礦山環境1000多畝,復墾窯業用地800多畝。